LA BRUNE FRANÇAISE À L'ÈRE DE LA GÉNOMIQUE INTERNATIONALE

PAS D'ÉVALUATION GÉNOMIQUE FIABLE SANS POPULATION DE RÉFÉRENCE CONSÉQUENTE. C'est la raison pour laquelle la brune, avec ses 17 300 vaches contrôlées dans l'Hexagone, n'était pas en mesure jusqu'alors de calculer des index génomiques pour ses animaux. A contrario de la Suisse ou l'Allemagne, et leurs 180 000 femelles respectives, qui le font depuis un an. C'est d'ailleurs grâce aux Suisses que seize mâles du schéma français BGS avaient été génotypés et indexés l'an dernier. L'un d'entre eux avait été remis en service : Fun ABF, un fils de Glenn/Zeus… mais avec des index suisses.

CALCUL DES INDEX GÉNOMIQUES VIA INTERBULL

Tout cela fait désormais partie de l'histoire ancienne. Malgré ses effectifs modestes, la brune française est aujourd'hui en capacité de disposer de ses propres index génomiques. Cela grâce au programme Intergénomics initié en février 2009 auquel participent, aux côtés de la France, les principaux pays détenteurs de brown swiss : Suisse, Allemagne, Autriche, Italie et États- Unis. Son principe consiste pour tous les participants à mettre en commun les génotypages de leurs taureaux indexés sur descendance. Objectif : constituer une population de référence internationale. Lors du traitement d'index d'avril, ce sont ainsi 5 320 taureaux bruns qui entraient dans la base. La brune devient ainsi la première race à bénéficier d'une évaluation internationale valorisant pleinement les informations génomiques. Pour la holstein, les premiers pas sont attendus en fin d'année.

Sur un plan pratique, tout transite via Interbull. C'est à cette instance internationale que les pays transmettent les génotypages de leurs jeunes taureaux. Sur cette base, Interbull calcule des index génomiques et les restitue aux pays dans leur propre unité. Il leur fournit aussi les index de tous les taureaux étrangers.

Détail d'importance : les pays ont l'obligation de transmettre les données de tous les mâles de plus de douze mois. En effet, des études ont prouvé que présélectionner les mâles candidats à une évaluation génomique pouvait la biaiser. En retour, les pays reçoivent les index génomiques, mais aussi les effets SNP (l'équation de prédiction qui fait le lien entre le génotypage et l'index), réestimés trois fois par an avec l'apport des nouvelles données phénotypiques de chaque indexation polygénique internationale. Chaque pays est aussi tenu de publier dans son unité nationale, le palmarès des taureaux génomiques internationaux disponibles dans leur pays d'origine.

BIENTÔT DES INDEX « MADE IN FRANCE »

C'est ainsi que la France pourra concrètement disposer de ses propres index, en même temps que chaque indexation Sam pour trier ses jeunes mâles en ferme. BGS utilise d'ailleurs officieusement cet outil depuis septembre 2011 Les premiers index non officiels ont été reçus en décembre. Depuis avril, ils sont officiels et publiables.

Mais la brune ne s'en tiendra pas là. Une autre étape est prévue, tous les pays participant à Intergénomics ayant signé un accord de partage de la population de référence. « Jusque-là, les 5 300 génotypages de la population de référence étaient accessibles et utilisés par Interbull. Avec l'accord donné par les pays de les partager, tout le monde pourra avoir une population de référence maximale pour faire tourner son évaluation nationale. C'est ainsi que la France, qui n'avait jusqu'alors que 100 génotypages, peut aussi envisager une évaluation nationale », explique Olivier Bulot, directeur de BGS. Cela pourrait se concrétiser début 2013.

JEAN-MICHEL VOCORET